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代谢途径是酶介导的生化反应，其导致细胞或组织内的天然产物小分子的生物合成（合成代谢）或分解（分解代谢）。在每个途径中，酶催化底物转化为结构相似的产物。代谢过程通常转化小分子，但也包括大分子过程，例如DNA修复和复制，以及蛋白质合成和降解。代谢维持细胞和生物体的生存状态。
蛋白酶在整个生物体中用于各种代谢过程。蛋白酶控制着对生命至关重要的各种生理过程，包括免疫反应，细胞周期，细胞死亡，伤口愈合，食物消化以及蛋白质和细胞器再循环。根据蛋白酶活性位点中关键氨基酸的类型和肽键断裂的机制，蛋白酶可分为六组：半胱氨酸，丝氨酸，苏氨酸，谷氨酸，天冬氨酸蛋白酶，以及基质金属蛋白酶。蛋白酶不仅可以激活细胞因子等蛋白质，或者在细胞凋亡过程中使它们失活，例如许多修复蛋白，而且还会暴露隐蔽位点，例如在β-淀粉样蛋白前体蛋白加工过程中发生的β-分泌酶，脱落各种跨膜蛋白，如金属蛋白酶和半胱氨酸蛋白酶，或将受体激动剂转化为拮抗剂，反之亦然，例如由金属蛋白酶，二肽基肽酶IV和一些组织蛋白酶进行的趋化因子转化。除催化结构域外，大量蛋白酶含有许多额外的结构域或模块，这些结构域或模块显着增加了其功能的复杂性。
已发现代谢活动的不平衡在许多病症中是关键的，例如心血管疾病，炎症，癌症和神经退行性疾病。
参考文献：
[1] Turk B, et al. EMBO J. 2012 Apr 4;31(7):1630-43.
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